В продължение на няколко десетилетия пазарджишкия Музей се е помещавал в Синагогата. В голямата сграда са били разположени експонатитите от сектор „Археология“ , а в малката Синагога е била настанена администрацията. Първата музейна сбирка на града датира от 1911 г., когато това е преито с решение на Управителния съвет на местното читалище „Виделина“, където се и помещавал музеят. След девети септември 1944 г. властта решила, че с религиите е свършено и пренесла експонатите именно в еврейския храм. През 1966 г. е построена сградата в сърцето на града, която е замислена като комбинация между градската художествена галерия „Станислав Доспевски“ и  Градски исторически музей.

От 2000 г. насам музеят е преобразуван в Регионален. По профил той е общоисторически и има следните основни отдели: Археология; История на България 15 – 19 в.; Етнография; Нова история; Най-нова история; Фондове и научен архив; Връзки с обществеността. Историческите експозиции са поместени в специално построена сграда на площ от 1200 m2. Музеят притежава собствена специализирана библиотека, реставрационно ателие и фотолаборатория, има уреден щанд за продажба на рекламни материали и сувенири и кафене.

Етнографската експозиция на Регионалния исторически музей е подредена в най-голямата жилищна сграда в Пазарджик от епохата на Възраждането, построена през 1850 г. в стила на пловдивската възрожденска барокова къща. Собственикът на къщата Никола Христович е бил богат пазарджишки търговец. Обявена за национален архитектурно-художествен паметник на културата.

Настоящият директор на РИМ – Пазарджик – Борис Хаджийски е и председател на Управителни съвет на Сдружението на българските музеи. То е създадено по негово предложение и има за цел да опазва интересите на институциите, които представлява.