Строежът на църквата „Свето Преображение Господне” е започнал през 1859-60 година, а нейното освещаване става през 1862 г.

По време на църковно-народните борби гръцките духовници, които настояват богослужението да продължи да се води на гръцки език, са изгонени от църквата „Света Богородица” и на тях е предложено да служат в параклиса „Света Неделя”, намиращ се в непосредствена близост до храм „Света Богородица”. Те обаче решават с помощта на български еснафи да построят храм, в който да се служи на гръцки език.

Оттам идва и названието на храма – „гръцката” църква – което всъщност е неточно, защото църквата е българска и строена от българи.

В двора на храма се е помещавал първият пансион на града за социално слаби и самотни хора. Църквата е била действаща до 1994 г., когато е затворена след пожар в старата поща (часовниковата кула-символ на град Пазарджик). Тогава настоятелството на църквата „Света Богородица“, под чието попечителство е „гръцката църква“, складира около и в храма останалия от пощата дървен материал. С течение на времето църквата и околохрамовото пространство се превръщат в склад за строителни материали, а дворът става практически непроходим.

През месец март 2009 година Пловдивският митрополит Николай разбира, че в града съществува храм „Свето Преображение” и незабавно възлага на свещеник Петко Еленкин председателството на църковното настоятелство и задачата заедно с енорийския свещеник Атанас Кузев да освободят и разчистят храма и двора от ненужните отпадъци и строителни материали, както и да възстановят предишния блясък и красота на този Божи дом.

За по-малко от 60 дни с помощта на доброволен труд от миряни и духовници, строителни предприемачи и община Пазарджик, храмът е почистен и преобразен.

Уникалният под с прекрасна автентична керамика е освежен. Изградени са пътеки тип калдъръм, които опасват храма от всички страни, а община Пазарджик озеленява и облагородява дворното пространство с прекрасни цветя и райграс; около тревните площи са поставени пейки за отдих.

Благодарение на изкусните реставраторски ръце иконостасът възвърна предишния си вид. Възобновен и реставриран е и Владишкият трон и два проскинитария. Църквата грейва в бяло, синьо и златно. Таванът е дървен и много красив.

На 6 август 2009 г., на празника Преображение Господне, митрополит Николай отслужи света Литургия в преобразения храм. Бяха прочетени молитви за обновление на храма. Митрополитският хор пя на празника. Пловдивският митрополит донесе за поклонение на вярващите чудотворната икона от Куклен „Света Богородица Одигитрия” (Пътеводителка).

Църквата „Свето Преображение” отбеляза своята 150 годишнина, през 2012 г.